Det arkeologiske Museet i Agios Nikolaos ligger på Nordsiden av lake Voulismeni på Paleologos street, 74, noen få minutters gange fra sentrum. Museet ble grunnlagt i 1970, og har en rik samling av arkeologiske funn i Fylket av Lasithi.

Utstillingen er holdt i åtte exhibition halls og dekker et stort historiske perioden fra Neolittisk tid til romertiden. Museets samling inneholder keramikk, stein produkter, skulptur, figurer, husholdning redskaper, en rekke begravelser artefakter, gull smykker, bronsestatuer og elfenben, sjeldne gjenstander fra barnas graver, og mer.

Den mest imponerende utstilling av Museum er skallen av en ung mann, ble funnet på en Roman kirkegården i Potamos nær byen. Skallen stammer fra det 1. århundre e.kr. og kronet med Gyldne diadem i form av oliven blader. I munnen av hodeskallen var en sølvmynt av byen Polyrinia (Vest-Kreta), som ble datert til styret av den Romerske Keiseren Tiberius. Mynt, i henhold til gammel tradisjon, var dommen fra transportøren sjeler til Charon i underverdenen Hades over elven Styx.

Av særlig interesse er det gjenstander funnet under utgravningene av den Minoiske kirkegården i Agia fotia. Det er en forhistorisk kirkegård, hvor det ble funnet 260 Minoiske graver, som er den største arkeologiske området av Kreta. Funnet her 1600 forskjellige fartøy laget uten å bruke en potters hjulet og i sin stil er lik Kykladisk kunst.

Museet har også gjenstander fra den Minoiske oppgjør av Myrtos, hvorav de viktigste er ansett som "Gudinnen av Myrtos" - et fartøy i form av en kvinnelig figur. Museet viser også gjenstander fra Minoan Palace of Malia, inkludert en fantastisk stein fartøy i form av en Triton shell.

Arkeologisk Museum i Agios Nikolaos er en av de viktigste museene i øya Kreta.