Klosteret ble grunnlagt av Donna Maura Dias i 1280 for nonner av Clarissa. Klosteret gjorde ikke vare lenge, og i 1311 han opphørte å eksistere. I 1316 år, kona til kong Dinis jeg, Dronning Isabella portugisisk, restaurert kloster.

Dronning Isabella portugisisk kalt "Hellige Dronning" på grunn av sin eksepsjonelle fromhet og rettferdighet. Dronningen var også kjent for sin gode natur, grunnlagt sykehus, barnehjem og skoler. Etter drapet på hennes mann, kong Dinis, hun trakk seg tilbake til klosteret. Og i 1336, Dronningen døde og ble gravlagt i klosteret i graven, innredet i Gotisk stil. I 1626 Dronning Isabella ble kanonisert for hans kjærlighet og gode gjerninger.

Den første arkitekten av klosteret var Domingos Domingues, kjent for sitt arbeid på gallerier av klosteret Alcobaça. Fortsatte arbeidet med denne arkitekten, Estevao Dominguez, som var kjent for sitt arbeid på gallerier av Katedralen i Lisboa. I 1330 innvielsen av templet, og senere til den sørlige delen av Kirken ble lagt til klosteret. Klosteret er svært ofte presentert kontanter donasjoner og gaver. Tidlig i det sekstende århundre Kirken ble innredet med Sevilla fliser og installert nye altere.

Så langt som klosteret og Kirken ble bygget på den venstre bredden av elven Manga, i år av bygningen ble oversvømmet flommer vannet i elven. Og i flere århundrer klosteret har blitt oversvømmet mange ganger. På grunn av hyppige flommene i klosteret var umulig å bo, og king John ' IV beordret til å forlate bygningen og flytte til et nytt kloster - klosteret Santa Clara-a-Nova, bygd på en høyde i nærheten av den gamle bygningen. Graven inneholder asken av Dronning Isabel og andre Kongelige personer ble flyttet til den nye bygningen.

Over tid, det gamle klosteret i ruiner. I 1910 bygningen ble lagt inn i listen av monumenter av nasjonal betydning, og noen gjenoppbygging arbeider ble utført i første halvdel av det tjuende århundre.