Bygging av ny bygning av klosteret Santa Clara i Coimbra ble startet i 1649. Det gamle klosteret ble bygget på slutten av XIII århundre, ble ødelagt, og det ble besluttet å oppføre en ny bygning for nonner i den rekkefølgen av St. Clare.

Prosjektet i klosteret har utviklet en benediktinermunk og Royal arkitekt Joao Turriano, byggingen ble ledet av den Kongelige arkitekt Mateus gjøre Couto gjorde. Byggingen av den nye bygningen har vart lenge nok. I 1677, i det nye bygget av klosteret, som ble kjent som klosteret Santa Clara-a-Nova, kjørte nonner. I 1696 innvielsen av templet.

De viktigste portalen av Abbey Kirke er innredet med Royal coat of arms støttet av to engler. Det indre av templet som er gjort i Barokk stil. Kirken har en nave, tverrskip mangler. Siden kapeller og de viktigste kapellet er dekorert med 14 alteret bilder av XVII århundre i stil med "Talia Dorada" - alter malerier innrammet i utskåret og forgylt tre. I tillegg, et nytt kloster ble flyttet til graven inneholder asken av den portugisiske Dronning Isabel, grunnleggeren av klosteret. Etter drapet på hennes mann, kong Dinis, Dronningen var i Coimbra Santa Clara kloster og fram til han døde og ble gravlagt der. Derfor blant de lokale innbyggerne av denne bolig, er også kalt klosteret av Dronning Isabella. Graven inneholder asken laget av sølv og krystall, ligger nær høyalteret i Kirken. Før Kirken står en statue av Dronning Isabella, av billedhuggeren Antonio Teixeira Lopes i det nittende århundre.

I 1733 på klosteret ble bygget klostre i Renessanse-stil. Byggingen av disse galleriene ble ledet av den ungarske arkitekten Carlos Mardel.