En annen attraksjon i Cordoba Church of San Francisco, som tilhører den såkalte "ferdinandova" kirker', heter på grunn av det faktum at de var en av de første Kristne kirker bygget i Cordoba etter at den ble gjenerobret fra Maurerne av kong Ferdinand III. Når Kirken var en del bygget i det 13. århundre klosteret av San Pedro El real. Klosteret, som hører til den Fransiskanske religiøse samfunn, var ganske stor for sin tid, og hadde stor innflytelse i det religiøse liv i byen. Det er kjent at i det 17. århundre bodde det en hundre munker, og de største av sin velstand og innflytelse i det 18. århundre. Men i begynnelsen av det 19. århundre under utbruddet av napoleonskrigene, klosteret ble ødelagt, San Francisco Kirke på mirakuløst vis overlevde.

Opprinnelig opprettet i Gotisk stil, i dag byggingen av Kirken i San Francisco, bare delvis ligner den opprinnelige strukturen. I løpet av det 18. århundre bygningen ble restaurert flere ganger i sin fasade det er mange elementer i Barokk stil, som har betydelig endret i den middelalderske utseende av Kirken.

I dag, Kirken San Francisco er ikke bare en av de eldste, men også en av de største kirkene i Cordoba. Her huser mange kulturelle verdier akkumulert siden middelalderen. Det er også en interessant samling av malerier av en Cordoban artist av det 18. århundre. Fortjener spesiell oppmerksomhet og vakre antikke møbler ligger i lokalene til templet.