I 1647 byen Eisenstadt var under styret til den adelige hus Esterhazy som hadde en stor innflytelse på byen og førte til positive endringer. I 1648 av Keiser Ferdinand III Eisenstadt ble en fri by ved å betale tilbakekjøpskursen i mengden 16 000 gylden og 3.000 fat med vin. I 1670 Paul jeg lov til å bo i Eisenstadt og seks nærliggende bosetninger på 3000 Jøder som ble utvist fra Wien. Rabbi av byen var Samson Wertheimer, som selv ble begravet på den gamle Jødiske kirkegården.

Det er et behov på kirkegården. Så det var den gamle Jødiske kirkegården i det 17. århundre, i nærheten av den Jødiske kvartalet. Den gamle kirkegården var i drift fra 1679 i årene 1875 og besto av omkring 1140 gravsteiner bare med inskripsjoner på hebraisk. På grunn av plassbegrensninger, i nærheten av den gamle kirkegården ble opprettet nye. Den nye kirkegården var i bruk siden 1875.

Under den Nazistiske okkupasjonen av både kirkegårder var delvis ødelagt, og gravsteiner ble brukt til byggingen av barrieren rundt i byen. Etter 1945, kirkegården ble renovert og dens monumenter ble satt på plass. I 1992, en ny kirkegården har vært hærverk: ca 80 gravsteiner ble skjendet med Nazi-symboler.

Kirkegården i Eisenstadt er forskjellig fra andre gamle Jødiske kirkegårder mangel på vegetasjon. Men, det har en stor likhet i form og utseende med Wien-kirkegården. Dette er fordi de første bosetterne var Wien-emigranter. Før inngangen til den gamle kirkegården ble gjort ved hjelp av vakre semi-sirkulær metall gates, men på det nåværende tidspunktet de har ikke overlevd. Både kirkegårder er åpne for publikum.