I henhold til skriftene til Jaroslavl historikere Athanasian klosteret ble grunnlagt etter 1612, i en tid da nær Church of Athanasius og Cyril i kapellet har vært å finne på det mirakuløse bildet av Frelseren. Men det er dokumentarisk bevis på at klosteret eksisterte allerede i det 16. århundre I 1615 Gavriil Makushkin, district superintendent, adressert til Metropolitan i Rostov-Cyril å velsigne grunnleggelsen av klosteret på det hellige sted.

Det er dokumentasjon på at Athanasian klosteret ble styrt av abbeder. I de første årene av sin eksistens, har det allerede fått tid og rettigheter i henhold til kontrakter av Mikhail Fedorovich. I det første brevet, datert 1619, det ble sagt at Athanasian klosteret unntatt fra Ruga penger og mat, stearinlys, vin, røkelse. Også klosteret ble tildelt en plass under mill på Romanov og Jaroslavl side. Med skog og tre som ble klosteret bærer på Volga, Mologa og Sheksna til klosteret liv plikt er ikke inkludert i leien. Klosteret ble også løst fra stillingen som Guvernør, bojarene, princes og militære personer.

De første bygningene som ble parkett, i det 17. århundre klosteret ble gjentatte ganger ødelagt i branner. Så, i 1658, klosteret ble fullstendig ødelagt. Den første steinen Kirken i klosteret i ære av Athanasius og Cyril ble bygget i 1664 med velsignelse av Storbyområdet i Rostov-Jonas Sysoyevich. Ved ferdigstillelse, Kirken var dekorert med malerier av Moskva mestere. I brann av 1670 klosteret igjen lidd. I 1676 til Katedralen Kirke i Nord ble bygget vinteren Kirke med klokketårnet, som ble innviet i ære av Metropolitan Alexis av Moskva. I 1736 på anmodning av Abbeden i klosteret på Iona, og ved dekret av Erkebiskop Joachim til Afanasievsky klosteret tilskrives kapellet festet til skiltet eller exhibition hall i tårnet, som var inngangsporten til Skrøpelige byen. I dag er den kjent som Znamenskaya Kirken.

Athanasian betydelig klosteret var aldri i rikdom av sine eiendeler, eller antall munker: i 1717, var det bare syv munker så en belets; personalet har ikke økt og i henhold til 1802, klosteret var ganske liten, og det var begrenset til lav steinmur, litt Øst og Nord-Øst. Andre partier som til gjerdet var laget av klosterets uthus Filistaren hus, så vel som Frelser Probinsya Kirken.

Mot Øst, foran fasaden til klosteret, som hadde et Sammenbrudd på gaten, i det 18. århundre, bygget to stein tårn av liten størrelse, og en av dem spilte rollen som den Hellige portene, de andre ligger et kapell til ære for en viktig begivenhet − funnet her av det mirakuløse bildet. Tårn hadde spir over med tall for trumpeting engler.

Juni 25, 1768 i sentrum av Jaroslavl i ordinær tid brannen oppstod. I listen over de skader som finnes, faktisk, den første beskrivelsen av bygninger i Athanasian klosteret. Når restaureringsarbeidet ble oppdatert maleri av Kirken av Athanasius og Cyril, den opprinnelige stein ikonostas ble erstattet med tre.

I 1820-1830 i klosteret ble gjennomført i stor skala, arbeider på sin forbedring: ble bygget i to etasjer stein Abbot ' s rom og refektoriet; ble arrangert to søster-celler; for Kirken av Athanasius og Cyril i 1825 håndverker Konstantin av Service produsert for egen regning en ny ikonostas, Alexander Chrysikou fra Jaroslavl forgylt det; i 1831, varme Kirken ble innredet med malerier, veggmalerier utført Timothy Medvedev. På samme tid ble gjenoppbygd enkelt-lagdelt klokketårn over varm covered patio Kirken, fra avskaffet klosteret STS sokn ble overført til 115-pounds bell. Ensemblet av kloster og klokketårn, var seven bells.

En annen omstilling Athanasian klosteret ble ødelagt på begynnelsen av 19-20 århundrer: i 1897 ble arrangert i en steinkjelleren, en coach fjøset, badekar, stabil; i 1903 1907. reparasjon arbeidet ble utført i Katedralen Kirke, med finansiering fra F. E. Vakhrameev; i 1912, ble det ble renovert, vegg maleri kunstner og restauratøren M. I. Dikarev på donasjoner A. Og vahromeeva.

I 1764 ved dekret av Keiserinne Katarina II Afanasyevsk klosteret ble vurdert til å være ubetydelige. Desember 12, 1857 Afanasyevskaya klosteret ble hevet til tredje klasse grad, abbeder hadde det denne gangen med en verdighet Archimandrite. Siden 1895 Athanasian klosteret fikk status som bolig av en prest, Biskop i bispedømmet Jaroslavl.

Etter den russiske revolusjonen, når Athanasian kloster ble etablert i soknet samfunnet. I februar 1925 klosteret ble stengt, og en del av sin eiendom ble overført til Frelseren av blodsutgytelsens på Byen og andre templer. I 1930-årene, ved avgjørelsen av byen myndigheter, klokketårnet ble revet, og Kirken av Athanasius og Cyril, og andre monastiske bygninger ligger organisasjonen, produksjon workshops, broderlig bygningen ble brukt til bolig.

I November 2007, templet med en muren og tårnene i den Hellige portene ga den russisk-Ortodokse Kirken. Når Jaroslavl-teologiske Seminar flyttet til herregården vahromeeva ved bestilling av hans Språk Kirill klosteret ble Kirken et Seminar. Januar 31, 2008 i kapellet Alexius ble begått første service.