Arkitekturen i synagogen Ben Ezra ikke avvike fra standard arkitektur av den Koptiske kirker. Dette skjedde fordi bygningen opprinnelig var Kirken, men på slutten av X-tallet Kalifen Hakim lukket Kirken. I nyere tid bygningen kjøpt av det Jødiske samfunnet, som den gang var en stor del av det Egyptiske samfunnet. Synagogen ble oppkalt etter Rabbi av Jerusalem, Abraham Ben Ezra.

Berømte synagogen som i det XIX århundre, under reparasjon, og det ble oppdaget en skattekiste av tusenvis av dokumenter av XI-XII-tallet.
Nylig, synagogen ble restaurert.