Kirken Santa Cruz ble bygget av Jesuitt-munker i 1608 som sognekirke for Kinesiske innvandrere i Manila, mange av dem aksepterte den Kristne tro. Da Jesuittene ble utvist fra Filippinene, Kirken gått inn i besittelse av fransiskanerne-Dominikanerne. Kirken var nesten dobbelt ødelagt av jordskjelv og ble alvorlig skadet under den berømte Slaget i Manila i februar 1945, som satte en stopper for nesten tre år med okkupasjon av den Japanske.

Når du er i 1571, Manila ble erklært som hovedstad i den Filippinske øygruppen, det ble forvandlet til at det lignet på en middelaldersk Europeisk by med kirker, palasser og rådhus, bygd i spansk Barokk stil. Den nåværende bygningen i Kirken Santa Cruz, renovert i 1957, restaurert til sin opprinnelige form. Men i tårnet hans kan du se spor typiske Asiatiske arkitektonisk stil. Alteret i Kirken ved første øyekast kan det synes noe undervurdert, men hans lysdesign vakkert.

Kirken Santa Cruz ligger i Plaza Lacson (tidligere Square Goyte), i nærheten av den berømte Fontenen av Carriedo, bygget i 1882 i anledning av "det største velgjører av Filippinene" Francisco Carriedo, som donert 10 tusen pesos for byggingen av den første metro Manila vann system.