I Japansk historie det var tider da herskere favoriserte spredningen av Kristendommen, og perioder når de importeres fra utlandet creed var i unåde, og hans tilhengere hadde vært grusom. I XV og XVI århundre, Kristendommen spredte seg raskt i den Øyene i øygruppen, men på slutten av det sekstende århundre ble forbudt, og folk i Japan praktisert det i hemmelighet. Innbyggerne i Nagasaki ble tvunget hvert år for å bevise at de ikke er Kristne. For dette, må de tilbys nekte å adlyde bilde av Jesus Kristus og Guds Mor, og dette ritualet måtte de gå gjennom til midten av det nittende århundre. Generelt, Kristendommen ble forbudt i Japan for to og et halvt århundre i løpet av denne tiden ble henrettet, torturert eller deportert tusenvis av mennesker som hevdet denne religionen.

Februar 5, 1597 i Nagasaki ble offentlig henrettet for misjonsarbeid 26 mennesker, inkludert 20 Japansk, fire Spanjoler, samt Meksikansk og Indisk. Ved bestilling av den regjerende shogun Toyotomi Hideyoshi de arrestert Kristne ble torturert og deretter brakt til Nagasaki og korsfestet på kors installert på høyden av Nishizaka. Etter gjennomføring av martyrer kom til å bli ansett som hellige, og erkjenner at de har en rekke fantastiske artister. Hundre år etter sin kanoniseringen i 1962 på bakken har åpnet et minnesmerke og et Museum. 6. februar, den Katolske Kirke i Japan feirer sitt minne.

I samlingen til Museet inneholder viktige historiske dokumenter, kom fra Europa og laget i Japan, kunstverk av den tidlige perioden av Kristendommen i Japan. Eksponering i kronologisk rekkefølge besøkende bli kjent med den perioden av den tidlige Kristendommen, og til tider med forfølgelse av Kristne og den hemmelige liv av Katolikker i den perioden av selv-isolasjon.

For tiden Kristendommen er den tredje store religionene i Japan etter Buddhisme og Shinto. I begynnelsen av XXI århundre var det ca 2, 5 millioner Kristne, for det meste Katolikker.