Templet Suwa-Jinja ble bygget i perioden med forfølgelse av Kristne, og var ment å bringe tilbake den Japanske i barmen på en av de tradisjonelle religionene i Shinto. Helligdager og festivaler arrangeres i templet, skal være som ankommer i Nagasaki Europeere skjønnheten av Japansk kultur. I dag Suwa-Jinja er sjef for Shinto templene og sentrum av Shinto samfunnet. Det ligger i den Nordlige delen, på ås-Tidssone-San. Å klatre til templet, gå opp trappen fra 277 grader.

Byggingen av Kirken begynte i 1614 når herskeren Tokugawa Ieyasu utstedte et dekret, som ble starten på forfølgelsen av Kristne. Ieyasu følte spredning av Europeisk religion for rask og aggressiv, han så det som en trussel mot tradisjonelle religioner, integriteten av det Japanske samfunnet og universitetsforlaget. På denne tiden begynte å aktivt bygge et Shinto-Helligdom, og den Japanske ble tvunget til bekjennelse av Shinto og Buddhisme.

Ti år senere, i 1624, byen kom til en religiøs figur Aoki Kensei, som er å tiltrekke seg beboere til det nye templet begynte å tilbringe utate-SAI ritual, hvor presten dyppet sine hender i det kokende vannet og tok dem ut uten en eneste brenne. Men denne "vis" på antall medlemmer er nesten ikke berørt. Så i 1634 lokale innbyggerne er forpliktet til å registrere deg på Kirken og begynte å holde en stor festival i høst. Ved hjelp av disse to tiltakene myndighetene har avslørt hemmeligheten Kristne: ikke registrert og som ikke deltar på feiringen ble arrestert, torturert og henrettet.

Suwa-Jinja Shrine som er dedikert til guddommen Suwa-ingen-Kami, som er ansett som guddom av tapperhet og plikt, og hans helligdommer finnes i hele Japan. Også i dette templet er dyrket to guddommer – Sumiyoshi, Guden for havet, og Morizaki. I ære av dem bruker festival Kunti, den mest berømte av alle helligdager Suwa-Jinja Shrine. Det holdes 7-9 oktober hvert år og er regnet som store og kjente festival, gion Matsuri.

På det nåværende tidspunkt, Mars 3, ved Kirken er det en Festival av dukker i som unge Japanske kvinner iført en festlig kimono og delta i prosesjonen. For å delta i opptoget de passerer konkurransen og dens resultater, velge to av de vakreste på rollen av Keiseren og hans kone, som leder prosesjonen. Det antas at denne hendelsen annonserer et Shinto-Helligdom.

I Suwa-Jinja Shrine på 9 August hvert år er det holdt en minnegudstjeneste i minne om de drepte fra eksplosjonen av atombombe. Ritualet kombinerer elementer av Shinto, Buddhistiske og Kristne tjenester, mens du ber for ham mer enn 70 tusen mennesker er drept i luftangrep i 1945. Kirken selv overlevde atom-bombingen, hans prester deltok i gjenoppbyggingen av Nagasaki, helliggjørende landet, og å fjerne det fra vraket av bygninger.