Det første Universitetet i pécs dukket opp i 1367, en av de eldste i Sentral-Europa, kong Ludvig den Store, hun gikk under under den tyrkiske okkupasjonen. I 1921, tidligere ungarske Universitetet i Bratislava. Bratislava, den ungarske : Pozhon ) flyttet til pécs, det rezultata Janus Pannonius University ( Janus Pannonius Tudományegyetem, JPTE ).

Det første Universitetet i pécs ble grunnlagt av Ludvig i av Ungarn i 1367. Etter å ha eksistert som et enhetlig pedagogisk senter i flere tiår, i midten av det 15. århundre ble delt inn i to skoler rettslære og teologi. Under den tyrkiske okkupasjonen ble Universitetet stengt, og åpnet sine dører bare i 1785, da Joseph II flyttet Royal Academy of győr i pécs. I 1802 Royal Academy tilbake i győr ved bestilling av Francis jeg, og institusjoner for høyere utdanning i pécs var ikke før 1833, da Biskopen av pécs i regi av Senatet grunnlagt i pécs Academy med fakultetene av lov og filosofi.

Det moderne Universitetet i pécs ble grunnlagt i 1912 og var opprinnelig plassert i Pozhon (dagens Bratislava). Etter Første verdenskrig Pozhon var aneksiroval fra Ungarn, og i 1921, Universitetet flyttet til pécs, hvor han fortsatt til denne dag. I 1951 ble den medisinske fakultet ble skilt, og fram til 2000 var det en egen institusjon. I 1982, Universitetet fått navnet Janus Pannonius. Det nåværende Universitetet i pécs ble etablert 1. januar 2000 gjennom sammenslåingen av Janus Universitetet i Pannonia, Medisinske Universitetet og lærere College.