Kirken Maria Magdalena ligger i bydelen södermalm. Kirkens historie går tilbake til 1350 år, da kong Magnus Eriksson med tillatelse av Pave Klemens VI bygget et kapell viet til Maria Magdalena. Utseendet av bygningen i disse årene er dårlig dokumentert, og bare bevart kobber gravering viser kapell som en liten bygning med et stort tårn toppet med en spiss spir.

I begynnelsen av 1520-tallet Gustav Vasa frigjort Stockholm, og hans tropper ledet av Peder Fredagen hadde slått leir i kapellet, men de led store tap når den danske tropper av Christian II angrep dem fra den byen. Denne hendelsen kan ha vært en av de viktigste grunnene til at Gustav Vasa ødelagt alle kirker, klostre og kapell rundt byen, etter innføringen av Protestantismen i 1527, inkludert chapel av Maria Magdalena. Imidlertid er hans sønn, kong johan III, begynte byggingen av et nytt tempel på siden av kapellet i 1588. Men hans død i 1592 avbrutt den pågående anleggsarbeid, og Kirken forble uferdig til 1634.

Arkitektene Nikodemus Tessin Tessin den Eldste og den Yngste tok over bygging og Kirken ble reist i Barokk stil. Spire, som ble betraktet som de vakreste i Stockholm, ble ødelagt i en brann i 1759, som også ødela 300 andre bygninger i området. Carl Johan Cronstedt fikk i oppdrag å gjenopprette Kirken, og hans prosjektet ble avsluttet i 1763. Han beholdt mye av den opprinnelige design. Restaurering av Kirkens interiør av Maria Magdalena ble holdt i 1927, det ble installert for, og den første kroppen, den andre ble lagt i 1986.