I sentrum av Kastoria på toppen av en ås, der det en gang lå den gamle Bysantinske Akropolis, i en moderne bygning, og det er en fantastisk Bysantinske Museet. I hans samling er en unik samling av Bysantinske og post-Bysantinske ikoner, som daterer seg tilbake til XII-XVII århundre. Museet har også skulpturelle arbeider, mosaikker og fresker, manuskripter, mynter og mer.

Det Bysantinske Museet ble grunnlagt i 1989. I samlingen til Museet inneholder ca 700 ikoner som ble samlet inn fra flere Bysantinske og post-Bysantinske kirker i Kastoria. Nesten alle av dem ble restaurert av museets ansatte. Samlingen er delt inn i seks deler, avhengig av dato og workshop fabrikasjon. En stor del av den unike samlingen laget av lokale verksteder i Makedonia, men det er også verk av den Kretiske skole maleri og mesterverk brakt tilbake fra de Joniske Øyene og Venezia. Den permanente utstillingen presenterer bare 35 ikoner, resten er lagret i Museet.

Blant de viktigste og mest verdifulle ikoner bør også merke ikonet av Profeten Elia, som dateres tilbake til XII århundre og er laget i Kaninska stil. Av særlig verdi er den ikon av St. Nicholas, også relatert til XII århundre. Interessant ikon av Kristus Pantocrator (XIV århundre), Hellige Cosmas og Damian (XIV århundre), nedstigningen fra korset (XIV århundre), virgin Hodegetria (XVI århundre) og ikon av Kristus Pantocrator (XVI århundre, den Kretiske skole). Utstillingen presenterer alteret dører som viser scener av Bebudelsen (XV århundre) – et fint eksempel på et lokalt verksted (school of Kastoria).

I perioden Bysantinske dominans av Kastoria var ganske mektige og innflytelsesrike byen, som ikke kunne påvirke sin historie og kultur. I dag en unik samling av det Bysantinske Museet regnes som et av de rikeste og mest komplette samlingen i verden.