Kirken San Sebastian ligger på en bakketopp, i nærheten av fisketorget, i den Nordlige delen av den gamle byen Lagos. Dette stedet tilbyr fantastisk panoramautsikt over Bukten. Kirken regnes som en av de eldste og mest vakre kirkene i byen.

Selv før Kirken ble bygget på dette stedet i 1325 det var en chapel of the Immaculate Conception av den salige jomfru Maria. I 1463 Biskop av são joão de Mello bidratt til at på dette stedet en Kirke ble bygd. I 1490 etter ordre fra kongen av Portugal, ikke são joão II, ble igjen gjennomført ombygging, og Kirken ble utvidet. Etter denne Kirken ble innviet som Kirken San Sebastian (San Sebastian-Kirken). Dessverre, som det skjedde med mange historiske bygninger i Portugal, Kirken var nesten ødelagt i jordskjelvet i Lisboa i 1755. Kirken ble restaurert, og to århundrer senere, Kirken ble igjen ødelagt av et jordskjelv, som fant sted i 1969. Over tid, ble Kirken igjen gjenopprettet.

Inne i Kirken av tre skip som er atskilt med Doriske søyler. Den opprinnelige høyalteret i Kirken dateres tilbake til det XVI århundre. Alteret består av fire paneler. Det er antatt at disse panelene er laget av en av de mest kjente artistene i Algarve i det sekstende århundre Alvaro Dias. Kirken beholdt den gamle plan for byen. I 1828 det var knyttet til Kirken tårn med bjelle.

I 1924 Kirken San Sebastian ble lagt inn i listen av monumenter av nasjonal betydning.