En gammel legende forteller at i 1364 litauisk adelsmann som heter Gostautas, har invitert 14 Fransiskaner munk (er) og ga dem et hjem slik at de kunne bosette seg i landet. Når Gostautas venstre, alle munker ble drept. Noen tid senere, adelsmann invitert andre Franciscan munker. Nye munker han bodde i et annet sted, og stedet for den drepte munker han hadde bygget en Kirke, navngitt til ære for den Hellige korset.

I 1524, Kirken brant ned. I 1635, på dette sted budde prestene bonifati. De startet sin virksomhet med, bygget en ny Kirken av det Hellige kors, som ble grunnlagt i nærheten av klosteret med samme navn og ble åpnet i klosteret sykehus. Senere på sykehus ble omgjort til et krisesenter for psykisk syke. Kirken Gostautas var reservert for den monastiske lokaler. Psykiatriske sykehus som drives her til 1903, da han ble overført til nye bygninger bygget spesielt for psykiatriske sykehus.

I 1737 ble Kirken igjen brent. I 1748 ble Kirken restaurert, ble totalrenovert interiør, ble arrangert i seks altere, og ble installert i Kirkens prekestol, bygget i Barokk stil. Også i Barokk stil av fasaden og byggingen av klosteret. Selv etter dette restaurering, utsiden av bygningen dukket opp og Rokokko elementer. Inne i tempelet står majestetisk på en romslig stein korskirke buer. Interessant kombinasjon av arkitektoniske elementer av Barokk, Rokokko og neo-Rokokko.

På tempelplassen er en fjær, som regnes som mirakuløse. Legendene sier at kilden viste seg plutselig i nærheten av statue of the Immaculate Conception. Dette er stedet hvor han ble torturert, drept munker, Fransiskanerne. Si spesielt gunstig dette vannet på pasienter som lider av øyesykdommer.

I Kirken er det en mirakuløs cross, som er montert over høyalteret. Nedenfor korset er bildet av jomfru Maria med barnet. Antagelig bildet er malt i det 17. århundre, men den autentiske opprinnelse av maleriet er ukjent. Hun er også rangert som mirakuløse kreasjoner. Kopi av den mirakuløse maleri av jomfru Maria og barnet, i form av fresker kan sees på de viktigste fasaden av Kirken. Det er under en buet gavlfelt, bygget i 1737 mellom de to side tårn av Kirken.

Mellom 1914 og 1924, og Kirken hadde en spesiell tjeneste for studenter i litauiske skoler. I perioden når Vilnius ble okkupert av Polen, som ikke er i tjeneste i Kirken ble gjennomført i litauisk språk.I 1843 Guds Orden ble avskaffet, og den Hellige sted var bare deres representasjon. I 1909 ble Kirken igjen reparert. På slutten av Første verdenskrig, i 1924, Biskop Jurgis Matulaitis ble invitert av Gud for å gå tilbake til klosteret det Hellige kors. Munkene tilbake til klosteret var svært betimelig. De reparert Kirke, som ble reist i seks altere. De har også organisert på den Hellige bolig nødhavn for eldre og suppekjøkken for de trengende "Caritas".

I begynnelsen av den Andre verdenskrig brødre fra Vilna ble trukket i den rekkefølge som er av Gud. I 1947 klosteret skjermet søstre i menigheten av den Ubesmittede Unnfangelses av jomfru Maria". Imidlertid, de dominerte her en stund. De Sovjetiske myndighetene stengt i 1949, klosteret og templet. I bygninger i klosteret ble plassert bolig-leiligheter.

I 1976, templet ble restaurert og ordnet det i konserthuset av Vilnius-Filharmonien, den såkalte "Lille sal av Barokk". Det var konserter av orgelmusikk.

Vilnius Erkebispedømmet fikk tilbake sine bygninger like etter endring av regimet i 1990. Kirken og klosteret bygninger ble restaurert, helliget og sendt på nytt til nonner av lyden av søstrene av den Uplettede Unnfangelse av jomfru Maria".