Da den spanske kolonitiden tropper begynte erobringen av Peru, byen Cuzco var en av støttepunkter i kraft i Inka-Imperiet. Innbyggerne er sterkt bevoktet, to ganger byen gikk fra hånd til hånd, før Inca i 1536 trakk seg tilbake. Den Katolske Kirke har tatt veldig alvorlig, og det er bygging av Katedralen i en så viktig koloniale byen i regionen. Katedralen i Santo Domingo, som også kalles Katedralen Santa Maria Assunta, ble bygget med omsorg og oppmerksomhet til detaljer, mens byggingen fortsatte i over et århundre. I dag Katedralen er en av de viktigste og mest populære turistmål i Cuzco, og på grunn av dens betydning i historien til byen, og på grunn av sin vakre arkitektur.

Under ankomsten av spanske erobrere i Cusco de viktigste og mest synlige Kirken i byen var Koricancha tempel, dedikert til solguden Inti. Mange historikere mener at dette templet var den mest hellige til Inka-Imperiet. Spanjolene besluttet på siden av temple of Inkaene til å bygge sin Katedralen, og brukte en stor del av byggemateriale, undersøke Koricancha tempel. I dag, besøkende kan fortsatt se en liten mengde av den ødelagte vegger av temple of Inkaene, i nærheten baksiden av Katedralen.

En liten Kirke kjent som Kirken Triumf, ble bygget i 1536, kort tid etter at byen ble erobret. Men så snart de spanske myndighetene i disse territorier etablert i byen begynte å bygge en mye mer grandiose og imponerende Katedralen. Planene som ble trukket opp av den spanske arkitekten Juan-Miguel-de Veramendi. Katedralen ble bygget i Gotisk og Renessanse-stil som var typisk for spansk religiøs arkitektur i den tiden. Selv om det er noen tegn på tilstedeværelse av Inca innflytelse i den religiøse symbolikken av bygningen, inkludert hodet av en Jaguar på hoveddøren av Katedralen. Byggingen av Katedralen begynte i 1559. Flertallet av befolkningen Inkaene ble brukt til å utføre tungt arbeid i oppbyggingen av templet.

Gjennom århundrene Katedralen har blitt hjemmet til flere viktige religiøse gjenstander, inkludert den berømte statuen av den Svarte Kristus, som er mørke med lys i flere århundrer. Det antas at denne statuen bidratt til Kirken for å overleve og for å overleve etter et ødeleggende jordskjelv i 1650. På høyre tårnet på Katedralen er en stor bjelle Maria Angola bell, over 2 meter høy, veier ca 6 tonn. Sin ringing kan høres på en avstand av tjue miles. Katedralen huser en imponerende samling av kunst som strekker seg over flere århundrer, inkludert malerier 1650, som er den eldste i byen.