Universitetet i Zagreb er den eldste ikke bare i Kroatia, men også i Sør-Øst-Europa. Datoen for sin offisielle stiftet 23. September 1669, da den Romerske Keiseren og ungarsk-kroatisk kong Leopold jeg har utstedt en lov som anerkjenner rettigheter og status til Universitetet, utdanningsinstitusjoner av tidligere Jesuitt Academy, som opererte på territoriet til den frie Royal city i Zagreb, den tidligere hovedstaden i Riket av Kroatia og Slavonia. Denne dato er den tidlige historien til Universitetet i Zagreb, i sin kamp for gjennomføring av rettighetene som er mottatt og komme verdig en plass blant de respekterte og velrenommerte universiteter og høyskoler i Sentral-Europa.

Historien om Universitetet i Zagreb i sin moderne form begynner med tiltak gykovskogo Biskop og en fremtredende kroatiske velgjører Josip Juraj Strossmayer, når han i 1861 foreslo å organisere i Universitetets fire fakulteter: medisin, teologisk, filosofisk og juridisk. Forslaget ble behandlet i flere år, og i 1874, den kroatiske Parlamentet vedtatt initiativ og utstedte et dekret "Om høgskolen". I det samme året, Universitetet skiftet navn og ble kjent som den Moderne Universitetet i Zagreb.

Siden 1990-tallet, Universitetet hadde fått større autonomi, på samme tid begynte tilslutning til Bologna-prosessen.