I sentrum av Heraklion, bare noen skritt fra Arkeologiske Museum er Museum i forsvaret av Kreta. Museet ble grunnlagt av kommunen Heraklion i 1994 og er dedikert til forsvaret av Kreta og den nasjonale motstandsbevegelsen under Andre verdenskrig. Målet for Museet er innsamling, bevaring og demonstrasjon av historiske relikvier fra 1941-1945 skikkelig, så vel som dokumentasjon og formidling av informasjon om menneskers kamp under slaget om Kreta og den tysk-italienske okkupasjonen.

I Museum utstillingen presenterer tusenvis av originale fotografier, malerier og tegninger av slaget om Kreta og den nasjonale motstandsbevegelsen, om lag 200 bøker, monografier, essays historiske hendelser fra 1941 til 1945, hundrevis av dokumenter og avisartikler. Museet viser også ulike elementer knyttet til krigen: våpen, uniformer, tilbehør, husholdningsartikler og mye mer.

Den viktigste delen av utstillingene dekker "Slaget om Kreta i mai 1941. Denne kampen er en av de største i historien om Andre verdenskrig luftbårne drift og også kjent som "Operation kvikksølv". Det viktigste formålet med den tyske inntrengerne var ousting av Britene fra Middelhavet og etablering av strategisk kontroll over Middelhavet. Arrangør av militsen var en Britisk arkeolog som jobbet for Britisk etterretning, John Pendlebury. På tross av store tap, Tyskerne vunnet kampen.

Museet har sin egen research center, som fokuserer på innsamling av arkiv materiale i krigstid ulike land (1940-1945) og deres oversettelse. Museet har som mål å tiltrekke seg oppmerksomheten til den yngre generasjonen til historien om den Kretiske folk og bevissthet om den ødeleggende kraften av krigen.